Najvažnija reka u Vojvodini, a i Srbiji i celom regionu je Dunav. Pored Dunava, važne su i njene pritoke Sava (206 km) i Tisa(168 km), i manje reke kao što su Bosut (u Sremu), Begej i Tamiš (u Banatu). Za navodnjavanje useva tokom decenija je prokopan sistem kanala u srednjem i južnom Banatu, kao i srednjoj i južnoj Bačkoj, kanal Dunav-Tisa-Dunav sa sveukupnom dužinom od 930 km. Ostale manje rečice u Vojvodini su: Karaš, Zlatica,Nera, Krivaja, Čik, Mostonga i Plazović. Veća jezera: Palić, Ludaško jezero, Ledinačko jezero i Obedska bara.